Instellingen voor het hele document beheren in het infovenster Document
Het keuzemenu onder Opties voor bestandsstructuur bepaalt of een document wordt bewaard als plat bestand of als bestandspakket. Een plat bestand is één bestand op schijf, waarin alle gekoppelde afbeeldingen zijn opgenomen. Een bestandspakket is in feite een map die is vermomd als bestand en waarin alle gekoppelde afbeeldingen apart zijn opgenomen. In bepaalde technische situaties kan het gewenst zijn het ene of het andere type te gebruiken; als u niet weet waarom dit iets zou moeten uitmaken, kunt u het beste de instelling Automatisch gebruiken.
Normaal gesproken zijn OmniGraffle-documenten tekstbestanden gebaseerd op een "eigenschappenlijst". Als het selectievakje Comprimeer op schijf is ingeschakeld, wordt het bestand bewaard in een binaire structuur die minder schijfruimte in beslag neemt maar die niet kan worden gelezen door scripts of teksteditors. Als u geen idee hebt waarom iemand een OmniGraffle-documenten zou willen openen met een teksteditor, kunt u uw bestanden rustig comprimeren.
U kunt paginamarges opgeven of de printermarges gebruiken die zijn ingesteld in het printerstuurprogramma (of die zijn gedefinieerd met de optie Pagina-instelling).